Экстремофилы

Паспорта недавно выделенных штаммов

ПАСПОРТА НЕДАВНО ВЫДЕЛЕННЫХ ШТАММОВ

В этом разделе приведены паспорта изолятов прокариот, недавно выделенных и охарактеризованных в соответствии со Стандартными операционными процедурами. Некоторые сведения о штаммах в паспортах, размещенных в открытом доступе, не приведены в связи с охраной РИД.

Краткое описание Файл
1. Изолят актинобактерий (Р28-9) из древних мерзлых отложений (глубина 28 — 29 м) нефтегазоконденсатного месторождения Песцовое (п-ов Ямал)
2. Изолят актинобактерий (Р28-10) из древних мерзлых отложений (глубина 28 — 29 м) нефтегазоконденсатного месторождения Песцовое (п-ов Ямал)
3. Изолят актинобактерий (Р28-11) из древних мерзлых отложений (глубина 28 — 29 м) нефтегазоконденсатного месторождения Песцовое (п-ов Ямал)
4. Изолят психротолерантиных актинобактерий (Р28-12) из древних мерзлых отложений ( глубина 28 — 29 м) нефтегазоконденсатного месторождения Песцовое (п-ов Ямал)
5. Изолят психротолерантиных актинобактерий (Р28-14) из древних мерзлых отложений (глубина 28 — 29 м) нефтегазоконденсатного месторождения Песцовое (п-ов Ямал)
6. Изолят психротолерантиных актинобактерий (Л2-17) из образца повторно-жильного льда  плейстоценового возраста обнажения Мамонтова гора (Центральная Якутия)
7. Изолят бактерий (3729к) из Мечигменских источников, Чукотка
8. Изолят бактерий (3757) из Чаплинских источников, Чукотка
9. Изолят азотфиксирующих бактерий из торфяной почвы Дубненского болотного массива, Московская область
10. Изолят термофильных метанокисляющих бактерий из гидротермы вулкана Узон, Камчатка, Россия
11. Изолят метанотрофных бактерий из почвы с берега оз. Титикак, район  г. Пуно, Перу
12. Изолят метанотрофных бактерий из  органического осадка из садка для рыб, плавучий остров, оз. Титикака в районе г. Пуно, Перу
13. Изолят метанотрофных бактерий из донного осадка ручья  вблизи  р. Амазонка, р-н  г. Пуно, Перу
14. Изолят метанотрофных бактерий из  почвы (на глубине 2 см) в 200 м от берега р. Амазонка, в районе г. Пуно, Перу
15. Изолят актинобактерий из нагнетаемой воды Черемуховского нефтяного месторождения, Нурлат, Татарстан
16. Изолят бактерий из подземных вод из наблюдательной скважины в районе поверхностного хранилища жидких радиоактивных отходов оз. Карачай, г. Озерск, Челябинская обл.
17. Изолят из подземных вод из наблюдательной скважины в районе законсервированного поверхностного хранилища жидких радиоактивных отходов, г. Северск, Томская обл.
18. Изолят, выделенный в чистую культуру и являющийся спутником сульфобацилл
19. Изолят из жидкой фазы пульпы опытно-промышленной установки  для бактериального выщелачивания руды
20. Изолят, выделенный в чистую культуру и являющийся спутником ранее описанного микроорганизма
21. Изолят бактерий, выделенный в чистую культуру и являющийся спутником ранее описанного микроорганизма
22. Изолят бактерий, выделенный в чистую культуру и являющийся спутником умеренно-термофильного нитрификатора
23. Изолят  бактерий из воды оз. Унтерзее (Антарктида)
24. Изолят психротолерантных бактерий из льда скважины с глубины 28м, Мамонтова гора, Сибирь
25. Изолят актинобактерий из болотных почв заполярной тундры Аляски
26. Изолят актинобактерий из торфяной почвы тундры России, п-ов Ямал
27. Изолят галоалкалофильных архей из гиперсоленого озера Кулундинской степи
28. Изолят галоалкалофильных архей из гиперсоленого озера Кулундинской степи
29. Изолят галоалкалофильных архей из гиперсоленого озера Кулундинской степи
30. Изолят галоалкалофильных архей из гиперсоленого озера Кулундинской степи
31. Изолят галоалкалофильных архей из гиперсоленого озера Кулундинской степи
32. Изолят галонатроно архей из осадков гиперсоленого озера Эльтон

Публикации

ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ

  1. Prokofeva M.I., Miroshnichenko M.L., Kostrikina N.A., Chernyh N.A., Kuznetsov B.B., Turova T.P., Bonch-Osmolovskaya E.A. Acidilobus aceticus gen. nov. and sp. nov., a new acidophilic anaerobic hyperthermophilic archaeum from continental hot vents of Kamchatka. – Intern. J. Syst. Bacteriol, 2000, 50:2001-2008
  2. Miroshnichenko M.L., Kostrikina N.A., L’Haridon S., Jeanthon S., Hippe S., Stackebrandt E., Bonch-Osmolovskaya E.A. Nautilia lithotrophica gen. nov., sp. nov., a thermophilic sulfur-reducing epsilon proteobacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent. – J. System. Evol. Microbiol., 2002, 52:1299-1304
  3. Bonch-Osmolovskaya E.A., Miroshnichenko M.L., Lebedinsky A.V., Chernyh N.A., Nazina T.N., Ivoilov V.S., Belyaev S.S., Boulygina E.S., Lysov Yu. P., Perov A.N., Mirzabekov A.D., Hippe H., Stackebrandt E., L’Haridon S., Jeanthon C. Radioisotopic, culture-based and oligonucleotide microchip analyses of thermophilic microbial communities in a continental high-temperature petroleum reservoir. – Appl. Environm. Microbiol., 2003, 69:6143-6151
  4. Miroshnichenko M.L., Kostrikina N.A., Chernyh N.A., Pimenov N.V, Tourova T.P., Antipov A.N., Spring S., Stackebrandt E., Bonch-Osmolovskaya E.A. Caldithrix abyssi gen. nov., sp. nov., a nitrate-reducing, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent, represents a novel bacterial lineage. – Int. J. System. Evol. Microbiol., 2003, 53:323-329
  5. Miroshnichenko M.L., L’Haridon, S., Schumann, P., Spring, S., Bonch-Osmolovskaya, E.A., Jeanthon, C.,  Stackebrandt, E. Caminibacter profundus sp. nov., isolated from a deep-sea hydrothermal vent represents a novel thermophilic bacterium of the Nautiliales ord. nov. within the class “Epsilonproteobacteria”. – Int. J. System. Evol. Microbiol., 2004, 54:41-45
  6. Sokolova T.G., Jeanthon C., Kostrikina N.A., Chernyh N.A., Lebedinsky A.V., Stackebrandt E., Bonch-Osmolovskaya E.A. The first evidence of anaerobic CO oxidation coupled with H2 production by a hyperthermophilic archaeon isolated from deep-sea hydrothermal vents. – Extremophiles, 2004, 8:317-323
  7. Miroshnichenko M.L., Bonch-Osmolovskaya E.A. Recent developments in the thermophilic microbiology of deep-sea hydrothermal vents. – Extremophiles, 2006, 8:317-323
  8. Perevalova A.A., Kolganova T.V., Birkeland N.-K., Schleper C., Bonch-Osmolovskaya E.A., Lebedinsky A.V. Distribution of Crenarchaeota representatives in terrestrial hot springs of Russia and Iceland. – Appl. Envrionm. Microbiol., 2008, 74:7620-7628
  9. Kublanov I.V., Perevalova A.A., Slobodkina G.B., Lebedinsky A.V., Bidzhieva S.Kh., Kolganova T.V., Kaliberda E.N., Rumsh L.D., Haertle T., Bonch-Osmolovskaya E.A. Biodiversity of thermophilic prokaryotes with hydrolytic activities in hot springs of Uzon Caldera, Kamchatka. – Appl. Environm. Microbiol., 2009, 59:1743-1747
  10. Miroshnichenko M. L., Lebedinsky A. V., Chernyh N. A., Tourova T. P., Kolganova T. V., Spring S. Caldimicrobium  rimae gen. nov., sp. nov., a novel extremely thermophilic facultatively lithoautotrophic anaerobic bacterium from the Uzon Caldera, Kamchatka. – Int. J. System. Evol. Microbiol., 2009, 59:1040-1044
Популярные статьи  Причины и последствия эрозии почв

Сотрудники

СОСТАВ ОТДЕЛА

Отдел биологии экстремофильных микроорганизмов (Заведующая: Бонч-Осмоловская Е.А.):

Лаборатория разнообразия и экологии экстремофильных микроорганизмов (Заведующий: Слободкин А.И.)

Лаборатория метаболизма экстремофильных прокариот (Заведующий: Кубланов И.В.)

ФИО Ученая степень, звание Должность Место работы Городской телефон Внутренний телефон E-mail
1 Бонч-ОсмоловскаяЕлизавета Александровна д.б.н., профессор, член-корр. РАН зав. отделом, г.н.с. ИНМИ, комн. 313 (499) 135-11-71 709 elizaveta.bo@gmail.com
2 КублановИлья Валерьевич к.б.н. зав. лабораторией, г.н.с. ИНМИ, комн. 113а (499) 135-12-29 729 kublanov.ilya@gmail.com
3 СлободкинАлександр Игоревич д.б.н. зав. лабораторией, г.н.с. ИНМИ, комн. 411 (499) 135-73-75 aslobodkin@hotmail.com
4 ГавриловСергей Николаевич к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 113а (499) 135-12-29 729 sngavrilov@gmail.com
5 ЕлизаровИван Михайлович м.н.с. ИНМИ, комн. 113а (499) 135-12-29 729 ivan.elizarov@gmail.com
6 ЕльчениновАлександр Геннадиевич м.н.с. ИНМИ, комн. 113а (499) 135-12-29 729 el.alexander92@yandex.ru
7 ЗаварзинаДарья Георгиевна к.г-м.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 206 (499) 135-12-29 709 zavarzinatwo@mail.ru
8 ЗаюлинаКсения Сергеевна м.н.с. ИНМИ, комн. 113а (499) 135-12-29 729 zauylinakc@yandex.ru
9 КочетковаТатьяна Вячеславовна к.б.н. н.с. ИНМИ, комн. 206 (499) 135-12-29 709 slepysh@gmail.com
10 ЛебединскийАлександр Владимирович к.б.н. И.о. в.н.с. ИНМИ, комн. 206 (499) 135-12-29 709 a.lebedinsky@mail.ru
11 МеркельАлександр Юрьевич к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 403 (499) 135-81-01 alexandrmerkel@gmail.com
12 ПереваловаАнна Александровна к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 106 (499) 135-12-29 732 annprv@gmail.com
13 ПодосокорскаяОльга Андреевна к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 113а (499) 135-12-29 729 podosokorskaya@gmail.com
14 ПоповаАлександра Антоновна к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 106 (499) 135-12-29 732 alexandra.a.popov@gmail.com
15 ПрокофьеваМария Игоревна к.б.н. н.с. ИНМИ, комн. 206 (499) 135-12-29 709 prokofeva@gmail.com
16 РатниковаНаталия Михайловна к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 403 (499) 135-81-01 n89ratnikova@gmail.com
17 СлободкинаГалина Борисовна д.б.н. в.н.с. ИНМИ, комн. 411 (499) 135-73-75 gslobodkina@hotmail.com
18 СоколоваТатьяна Геннадиевна д.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 206 (499) 135-12-29 709 tatso2204@gmail.com
19 ТощаковСтепан Владимирович к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 106 (499) 135-12-29 732 stepan.toshchakov@gmail.com
20 ФроловЕвгений Николаевич к.б.н. н.с. ИНМИ, комн. 106 (499) 135-12-29 732 evgenii_frolov_89@mail.ru
21 ХомяковаМария Александровна к.б.н. н.с. ИНМИ, комн. 403 (499) 135-81-01 mary_klimova@mail.ru
22 ЧерныхНиколай Алексеевич к.б.н. с.н.с. ИНМИ, комн. 412 (499) 135-81-01 chernyh3@yandex.ru

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ОТДЕЛА

Ключевые слова
термофильные бактерии, гипертермофильные археи, анаэробы, литоавтотрофы, новые типы метаболизма, метаболизм С1 соединений, термофильные микробные сообщества, термостабильные ферменты, геномика, гетагеномика

Направления исследований

  • Исследование филогенетического разнообразия термофильных прокариот
  • Исследование метаболического разнообразия термофильных прокариот
  • Характеристика новых типов катаболического обмена у термофильных микроорганизмов
  • Использование С1 соединений термофильными прокариотами
  • Восстановление неорганических акцепторов электронов термофильными прокариотами
  • Характеристика глубоких филогенетических ветвей прокариот
  • Анализ полных геномов новых термофильных прокариот
  • Метагеномный анализ термофильных микробных сообществ
  • Термостабильные гидролазы из новых термофильных прокариот
  • Терминальные оксидоредуктазы  термофильных прокариот

Основные методы исследованийВ лаборатории налажен полный цикл выделения, культивирования и характеристики новых термофильных прокариот, в том числе анаэробов, микроорганизмов с газовым питанием, микроорганизмов, восстанавливающих нерастворимые акцепторы электронов. Имеется установка для анаэробного приготовления среды с заполнением свободного объема газовой смесью заданного состава, а также анаэробный перчаточный бокс «Inmed» для работы с анаэробными культурами и ферментами. Имеется проточный ферментер «Unfors» объемом 2.5 л для проточного культивирования термофилов (до 90оС) и облигатных анаэробов. Имеется 12 термостатов «Binder» и «Memmert», позволяющих культивирование термофильных микроорганизмов при заданных температурах от 40 до 110оС.

Методы характеристики новых изолятов:

  • морфология клеток и мониторинг роста — световая фазово-контрастная микроскопия, флюоресцентная микроскопия
  • характеристика метаболизма – ВЭЖХ, газо-жидкостная хроматография, спектрофотометрия
  • характеристика целевых ферментов – зимография, спектрофотометрия
  • геносистематическая характеристика новых изолятов – определение ГЦ состава ДНК и ДНК-ДНК гибридизация.

Методы характеристики микробных сообществ:

  • выделение ДНК и РНК из природных сообществ и накопительных культур
  • ПЦР-ДГГЭ генов 16S рРНК и функциональных генов
  • транскриптомный анализ
  • флюоресцентная гибридизация in situ (FISH, CARD-FISH)

Биоинформатические методы:

  • определение филогенетического положения новых изолятов
  • построение филогенетических деревьев на базе генов 16S рРНК и функциональных генов
  • анализ баз данных
  • разработка ПЦР-праймеров и зондов для анализа микробных сообществ
  • анализ полных геномов новых изолятов, метагеномов и транскриптомов природных сообществ и накопительных культур

Краткая история отделаВ 2017 году лаборатория гипертермофильных микробных сообществ преобразована в отдел биологии экстремофильных микроорганизмов, в состав которой вошли две лаборатории: лаборатория разнообразия и экологии экстремофильных микроорганизмов и лаборатория метаболизма экстремофильных прокариот.

Лаборатория гипертермофильных микробных сообществ была организована в 1996 году из группы, входившей в состав лаборатории микробных сообществ (руководитель академик Г.А. Заварзин) и вошла в отдел микробных сообществ, также руководимый Г.А. Заварзиным. С 2012 года существует как самостоятельная лаборатория в составе ИНМИ РАН.

С момента основания лаборатории и до сегодняшнего дня ее руководителем является д.б.н. Е.А. Бонч-Осмоловская. За весь прошедший период лабораторию не покинул ни один ключевой сотрудник; была значительно расширена область компетенции членов лаборатории, которая, помимо классической микробиологии, включает теперь геномику, биоинформатику, энзимологию термофильных прокариот. Защищено 3 докторских и 9 кандидатских диссертаций. В 2014 году коллектив лаборатории получил грант президента РФ по поддержке ведущих научных школ.

Экология

Микроорганизмы встречаются почти в каждой среде обитания, присутствующей в природе, включая враждебные среды, такие как Северный и Южный полюса , пустыни , гейзеры и скалы . Они также включают в себя все морские микроорганизмы из океанов и морских глубин . Некоторые типы микроорганизмов адаптировались к экстремальным условиям и устойчивым колониям; эти организмы известны как экстремофилы . Экстремофилы были изолированы от горных пород на глубине до 7 километров ниже поверхности Земли, и было высказано предположение, что количество организмов, живущих под поверхностью Земли, сравнимо с количеством жизни на поверхности или над ней. Известно, что экстремофилы выживают в течение длительного времени в вакууме и могут быть очень устойчивы к радиации , что может даже позволить им выжить в космосе. Многие типы микроорганизмов имеют тесные симбиотические отношения с другими более крупными организмами; некоторые из них взаимовыгодны ( мутуализм ), а другие могут нанести вред организму хозяина ( паразитизм ). Если микроорганизмы могут вызывать заболевание у хозяина, их называют патогенами, а затем иногда называют микробами . Микроорганизмы играют решающую роль в биогеохимических циклах Земли, поскольку они ответственны за разложение и фиксацию азота .

Популярные статьи  Структура биоценоза в биологии

Бактерии используют регулирующие сети, которые позволяют им адаптироваться практически к любой экологической нише на Земле. Сеть взаимодействий между различными типами молекул, включая ДНК, РНК, белки и метаболиты, используется бактериями для регулирования экспрессии генов . У бактерий основная функция регулирующих сетей состоит в том, чтобы контролировать реакцию на изменения окружающей среды, например статус питания и экологический стресс. Сложная организация сетей позволяет микроорганизмам координировать и интегрировать множество сигналов окружающей среды.

Экстремофилы

Тетрада Deinococcus radiodurans , радиоустойчивой экстремофильной бактерии.

Экстремофилы — это микроорганизмы, которые адаптировались таким образом, чтобы они могли выживать и даже процветать в экстремальных условиях , которые обычно фатальны для большинства форм жизни. Термофилы и гипертермофилы хорошо себя чувствуют при высоких температурах . Психрофилы прекрасно себя чувствуют при экстремально низких температурах. — Температуры от 130 ° C (266 ° F) до −17 ° C (1 ° F). Галофилы, такие как Halobacterium salinarum (архея), процветают в условиях с высоким содержанием соли , вплоть до насыщения. Алкалифилы хорошо себя чувствуют при щелочном pH около 8,5–11. Ацидофилы могут процветать при pH 2,0 или ниже. Piezophiles процветают при очень высоких давлениях : до 1000-2000 атм , вплоть до 0 атм как в вакууме в пространстве . Некоторые экстремофилы, такие как Deinococcus radiodurans, обладают радиорезистентностью и сопротивляются радиационному воздействию до 5 кГр . Экстремофилы значимы по-разному. Они распространяют земную жизнь на большую часть гидросферы , коры и атмосферы Земли , их особые механизмы эволюционной адаптации к экстремальным условиям окружающей среды можно использовать в биотехнологии , и само их существование в таких экстремальных условиях увеличивает потенциал для внеземной жизни .

В почве

Круговорот азота в почвах зависит от фиксации атмосферного азота . Это достигается рядом диазотрофов . Один из способов это может произойти, в клубеньки из бобовых культур , которые содержат симбиотические бактерии из родов Rhizobium , Mesorhizobium , Sinorhizobium , Bradyrhizobium и Azorhizobium .

В корнях растений создают узкую область , известную как ризосфере , который поддерживает многие микроорганизмы , известные как корневой микробиом .

Симбиоз

Фотосинтезирующие цианобактерии Hyella caespitosa (круглые формы) с гифами грибов (полупрозрачные нити) в лишайниках Pyrenocollema halodytes

Лишайники представляют собой симбиоз макроскопического гриба с фотосинтетическими микробными водорослями или цианобактерий .

Астробиология

Область астробиологии связана с теориями возникновения жизни, такими как панспермия, а также затрагивает вопросы о распределении, природе и будущем жизни во Вселенной. В ней экологи-микробиологи, астрономы, планетарные учёные, геохимики, философы и исследователи, конструктивно сотрудничая, направляют свои усилия на поиск жизни на других планетах. Астробиологи особенно заинтересованы в изучении экстремофилов, так как многие организмы данного типа способны выжить в условиях, аналогичных тем, которые как известно, существуют на других планетах. Например, на Марсе могут быть области глубоко под поверхностью вечной мерзлоты, укрывающие сообщества эндолитов. Водный океан под поверхностью Европы, спутника Юпитера, гипотетически может содержать жизнь в глубинных гидротермальных источниках.

Недавние исследования, проведённые над экстремофилами в Японии, состояли из множества бактерий, включая Escherichia coli и Paracoccus denitrificans, которых подвергли условиям экстремальной силы тяжести. Бактерии выращивались в ультрацентрифуге на высоких скоростях, соответствующих 403627 g (то есть в 403627 раз большая сила тяжести, чем на Земле). Paracoccus denitrificans была одной из бактерий, продемонстрировавшей не только выживание, но также устойчивый клеточный рост в условиях сверхускорения, которые обычно можно найти только в космических условиях, например, на очень массивных звёздах или в ударных волнах сверхновых

Анализ показал, что небольшой размер клеток прокариот имеет важное значение для успешного роста при гипергравитации.

26 апреля 2012 года, учёные сообщили, что лишайник выжил и показал замечательные результаты на способность к адаптации фотосинтетической активности в течение 34 дней имитационного моделирования марсианских условий, проведённых в Mars Simulation Laboratory (MSL), Германского центра авиации и космонавтики (DLR).

29 апреля 2013 года, учёные Политехнического Института Ренсселера, спонсируемого НАСА, сообщили, что за время космического полёта на Международную космическую станцию микробы адаптируются к космической среде в «не наблюдаемом на Земле» смысле и таким образом «могут привести к увеличению роста и вирулентности».

19 мая 2014 года, учёные объявили, что многочисленные микроорганизмы, такие как Tersicoccus phoenicis, могут быть устойчивыми к методам, обычно используемым в чистых помещениях для сборки космических аппаратов. На данный момент не известно, могли ли стойкие микробы выдержать космическое путешествие и присутствуют ли они сейчас на Rover Curiosity, планете Марс.

20 августа 2014 года, учёные подтвердили существование микроорганизмов, живущих в полумиле подо льдом Антарктиды.

20 августа 2014 года, российские космонавты сообщили об обнаружении планктона на внешней поверхности иллюминатора Международной космической станции, но затруднились объяснить, как он там оказался.

В феврале 2017 года специалисты Института астробиологии NASA под руководством Пенелопы Бостон обнаружили живые организмы, находящиеся внутри гигантских кристаллов селенита в шахтах под городом Найка мексиканского штата Чиуауа. Они располагаются над магматическим карманом, поэтому температура здесь держится на уровне +60º С. Микроорганизмы находились в кристаллах в течение около 60 тысяч лет в состоянии геолатентности (оставались жизнеспособными), но не проявляли активности. Установлено, что для выживания бактерии, вирусы и археи «использовали» оксид меди, марганец, сульфиды и железо; переработка этих веществ обеспечивала их энергией.

Международные проекты

МЕЖДУНАРОДНОЕ СОТРУДНИЧЕСТВО

Фонд/ программа Акроним Наименование проекта на английском языке Наименование проекта на русском языке Период проведения работ Страны-участницы Сайт проекта
1 Седьмая Рамочная Программа Европейского Сообщества Hotzyme Systematic screening for thermostable hydrolases Системный скрининг термостабильных гидролаз 2012 – 2015 Дания, Нидерланды, Великобритания, Норвегия, Италия, Германия, Греция, Россия, Швейцария
2 ERA.Net RUS Plus, РФФИ EXTREMOPHARM Bioprospecting of novel cytotoxic and biocidic secondary metabolites in extremophilic microorganisms Поиск новых цитотоксических и биоцидных вторичных метаболитов, продуцируемых экстремофильными микроорганизмами Russia, France, Germany
Популярные статьи  Внутренние воды россии - характеристика и разнообразие крупных рек и озер

Диссертации

ЗАЩИЩЕННЫЕ ДИССЕРТАЦИИ

Диссертант Диссертация Тема работы Научный руководитель/ консультант Год защиты
1 Мирошниченко М.Л. докторская Биоразнообразие анаэробных термофильных микроорганизмов морских гидротермальных полей 2005
 2 Слободкин А.И. докторская Термофильные железовосстанавливающие прокариоты Бонч-Осмоловская Е.А. 2008
3 Соколова Т.Г. докторская Термофильные гидрогеногенные карбоксидотрофные прокариоты Бонч-Осмоловская Е.А., Заварзин Г.А. 2008
 4 Слободкина Г.Б. кандидатская Молекулярная детекция представителей гипертермофильных архей и характеристика архейной термостабильной ДНК-полимеразы Бонч-Осмоловская Е.А. 2005
 5 Прокофьева М.И. кандидатская Анаэробные термоацидофильные микробные сообщества Бонч-Осмоловская Е.А. 2006
 6 Перевалова А.А. кандидатская Молекулярная детекция и разнообразие Crenarchaeota в наземных горячих источниках Бонч-Осмоловская Е.А. 2007
 7 Гаврилов С.Н. кандидатская Физиологические и биохимические механизмы диссимиляционного восстановления Fe(III) термофильной бактерией Carboxydothermus ferrireducens (syn. Thermoterrabacterium ferrireducens) Слободкин А.И. 2007
 8 Кубланов И.В. кандидатская Новые анаэробные термофильные прокариоты и их гидролитические ферменты Бонч-Осмоловская Е.А. 2007
 9 Слепова Т.В. кандидатская Гидрогеногенные карбоксидотрофные прокариоты в горячих источниках Камчатки Соколова Т.Г. 2008
 10 Козина И.В. кандидатская Молекулярная детекция и новые фенотипические свойства термофильных бактерий родов Thermoanaerobacter и Caldanaerobacter Бонч-Осмоловская Е.А. 2008
11 Непомнящая Я.Н. кандидатская Филогенетическое разнообразие микроорганизмов в термофильных железовосстанавливающих сообществах Нетрусов А.И., Слободкин А.И. 2010
12 Меркель А.Ю. кандидатская Молекулярная экология метаногенных и метанотрофных архей гидротермальных мест обитания Черных Н.А. 2013
13 Подосокорская О.А. кандидатская Новые анаэробные целлюлолитические микроорганизмы Бонч-Осмоловская Е.А. 2013

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЦКП «КОЛЛЕКЦИЯ UNIQEM»

ЦКП «Коллекция уникальных и экстремофильных микроорганизмов различных физиологических групп биотехнологического назначения UNIQEM» (далее «Коллекция UNIQEM») основан на базе Федерального государственного учреждения «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук».

Положение о ЦКП «Коллекция UNIQEM» утверждено в 2017 году. Коллекционный фонд микроорганизмов создан в Институте микробиологии им. С.Н. Виноградского.

Основное направление ЦКП состоит в выделении непатогенных микроорганизмов из природных и антропогенных экосистем, установлении их таксономической принадлежности и физиолого-биохимических свойств, оценке биотехнологического потенциала, сохранении и поддержании штаммов в жизнеспособном состоянии, предоставлении штаммов и информации о них для научных, образовательных и производственных организаций.

Существенная часть коллекционного фонда ЦКП была выделена, исследована и описана (в том числе, как представители новых родов, семейств и филумов) в ходе многолетних инициативных исследований сотрудников Института микробиологии им. С.Н. Виноградского ФИЦ Биотехнологии РАН. В коллекции UNIQEM имеются микроорганизмы нового или неопределенного таксономического статуса, трудно поддающиеся культивированию и не дублирующиеся в других коллекциях.

ЦКП «Коллекция UNIQEM» и сотрудничающие с ним структурные подразделения ФИЦ Биотехнологии РАН располагают полным комплексом современных методов и оборудования для обеспечения научно-сервисных услуг по изучению микробного разнообразия. Для сохранения коллекционного фонда используются различные методы культивирования и поддержания микроорганизмов (в зависимости от их особенностей) и режимы длительного хранения, в том числе, в криоконсервированном виде.

ЦКП «Коллекция UNIQEM» располагает помещениями, оборудованием (боксами для пересевов, термостатами, анаэростатами, холодильными камерами, криохранилищами и др.), расходными материалами (питательными средами, реактивами, стеклянной и пластиковой посудой и др.), набором методик для поддержания штаммов микроорганизмов для сохранения и резервирования текущих ресурсов. Молекулярно-генетические исследования штаммов микроорганизмов осуществляются на базе ЦКП «Биоинженерия» ФИЦ Биотехнологии РАН.

Основные направления научных исследований:

  • Изучение разнообразия, метаболизма и биогеохимической деятельности микроорганизмов различных мест обитания с анализом рибосомальных генов и генов, кодирующих ключевые ферменты, или полного генома.
  • Выявление и описание новых таксонов прокариот.
  • Поддержание и пополнение коллекций прокариот (в том числе, экстремофилов), обладающих биотехнологическим потенциалом для получения высокостабильных ферментов и широкого спектра биологически активных веществ, использования в биогидрометаллургии,  повышения нефтеотдачи, переработки отходов, очистки сточных вод и решения других задач.
  • Изучение форм длительного выживания и  механизмов адаптации бактерий к экстремальным условиям.
  • Оптимизация способов хранения микробных культур (в том числе, за счет перевода в покоящееся состояние) и разработка приемов реактивации клеток, утративших способность к прорастанию.
  • Изучение ультраструктурных характеристик клеток новых изолятов и длительно выживающих форм.

Краткая информация:

Наименование ЦКП: Коллекция UNIQEM
Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
Фактический адрес размещения ЦКП: 117312 Российская Федерация, Москва, пр-т 60-летия Октября д. 7, корп. 2
Год создания ЦКП: 2016
Сайт ЦКП: http://www.fbras.ru/services/ckp/tskp-kollektsiya-uniqem
ЦКП на сайте «Научно-технологическая инфраструктура Российской Федерации»: http://ckp-rf.ru/ckp/466895/

Контакты:
Руководитель ЦКП «Коллекция UNIQEM»
Мулюкин Андрей Львович, д.б.н., в.н.с.

+7 (499) 135-12-29  доб. 751uniqem@fbras.ru, andlm@mail.ru

В заключение

Источники:

Science285doi10.1126/science.285.5430.1033PMIDScience217Bibcode1982Sci…217…65Cdoi10.1126/science.217.4554.65PMID»Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya»Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America87Bibcode1990PNAS…87.4576Wdoi10.1073/pnas.87.12.4576PMCPMID  ISBN978-0-387-24143-2CrenarchaeotaThe Tree of Life Web Project  283  Bibcode1980Natur.283…69W doi10.1038/283069a0″Ferroplasma acidiphilum gen. nov., sp. nov., an acidophilic, autotrophic, ferrous-iron-oxidizing, cell-wall-lacking, mesophilic member of the Ferroplasmaceae fam. nov., comprising a distinct lineage of the Archaea»  50 «The ultrastructure of Ignicoccus: evidence for a novel outer membrane and for intracellular vesicle budding in an archaeon»Archaea1doi10.1155/2002/307480PMCPMID»Biosynthesis of ether-type polar lipids in archaea and evolutionary considerations»Microbiol. Mol. Biol. Rev.71doi10.1128/MMBR.00033-06PMCPMIDCurr. Opin. Gen. Dev.1Curr. Opin. Microbiol.4DOI10.1016/S1369-5274(00)00190-9PMID 11282478Mol. Microbiol.48PMID 12694606Spang A., Saw J. H., Jørgensen S. L., Zaremba-Niedzwiedzka K., Martijn J., Lind A. E.,van Eijk R., Schleper C., Guy L., Ettema T. J.Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes.DOI10.1038/nature14447PMID 2594573940DOI10.1016/S0065-2911(08)60135-6PMID 9889982http://old.www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3086593/http://old.www.eoearth.org/view/article/160977/  8 doi10.1016/j.mib.2005.10.015 PMID  46 doi10.1080/10408690590957296 PMID 12  doi10.1007/s00792-007-0087-9 PMID»Perspectives on biotechnological applications of archaea»  1  doi10.1155/2002/436561 PMCPMID Wei Sheng Wu Xue Bao  42  PMID Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology 28 doi10.1038/sj/jim/7000190 PMID «Archaeal Antimicrobials: An Undiscovered Country»  isbn=978-1-904455-27-1http://old.phenomena.nationalgeographic.com/2014/10/24/how-an-antibiotic-gene-jumped-all-over-the-tree-of-life/http://old.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-0691.2012.03913.x/epdfhttp://old.jb.asm.org/content/193/17/4380.fullhttp://old.www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3895606/http://old.www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/gmic.26749

Рейтинг
( Пока оценок нет )
Понравилась статья? Поделиться с друзьями:
Добавить комментарий

;-) :| :x :twisted: :smile: :shock: :sad: :roll: :razz: :oops: :o :mrgreen: :lol: :idea: :grin: :evil: :cry: :cool: :arrow: :???: :?: :!: